台湾海峡两岸风向日变化相反的原因是，由于台湾海峡位于福建和台湾之间，在福建与台湾海峡、台湾海峡与台湾之间形成了两个不同的热力环流。白天陆地比海洋气温高、气压低，近地面风从海洋吹向陆地，形成海风；夜晚相反，形成陆风。这种日变化现象在气象学中被称为“海陆风效应”。