天文系最好的大学是**南京大学**。南京大学的天文学专业历史悠久，可追溯至1952年，其天文与空间科学学院是国内最早设立天文学专业的院系之一。在多次学科评估和排名中，南京大学天文学专业都位居国内高校第一。此外，南京大学还是国家第一个天文学基础研究和教学人才培养基地，拥有一支高素质的专职教学科研队伍。